Wilayah hukum Pengadilan Negeri Atambua terdiri dari 2 (dua) Kabupaten, yaitu Kabupaten Belu dan Kabupaten Malaka.

Kabupaten Belu terdiri atas 12 Kecamatan, yang dibagi lagi atas 12 Kelurahan dan 69 Desa. Ibukota Kabupaten Belu adalah Atambua.

Kabupaten Malaka terdiri atas 11 Kecamatan, yang dibagi lagi atas 122 Desa. Ibukota Kabupaten Malaka adalah Betun.

Adapun Kecamatan yang berada di Kabupaten Belu, yaitu :

  1. Kecamatan Kota Atambua
  2. Kecamatan Atamabua Barat
  3. Kecamatan Atambua Selatan
  4. Kecamatan Tasifeto Barat
  5. Kecamatan Tasifeto Timur
  6. Kecamatan Raimanuk
  7. Kecamatan Kakuluk Mesak
  8. Kecamatan Nanaet Dua Besi
  9. Kecamatan Lasiolat
  10. Kecamatan Lamaknen
  11. Kecamatan Lamaknen Selatan
  12. Kecamatan Raihat

Adapun Kecamatan yang berada di Kabupaten Malaka, yaitu :

  1. Kecamatan Laen Manen
  2. Kecamatan Malaka Timur
  3. Kecamatan IO Kufeu Fatuao
  4. Kecamatan Sasitamean
  5. Kecamatan Botin Leo Bele
  6. Kecamatan Malaka Tengah
  7. Kecamatan Kobalima
  8. Kecamatan Malaka Barat
  9. Kecamatan Weliman
  10. Kecamatan Wewiku
  11. Kecamatan Rinhat
  12. Kecamatan Kobalima Timur